As obras espirituais, num sentido muito lato, podem ser entendidas como aquelas que a Misericórdia promove, ou desenvolve, para amenizar as necessidades espirituais dos contemplados.
A principal, e mais visível, obra espiritual diligenciada pela Misericórdia de Évora foi, sem sombra de dúvidas, a sétima: Rogar a Deus pelos vivos e pelos mortos.
Rezar pela alma dos defuntos, foi aliás, uma prática recorrente e bastante importante para a Misericórdia, que chegou a contratar capelães nos Séculos XVI, XVII e XVIIII, exclusivamente para esta finalidade. Aqueles que pereciam, sobretudo os mais ricos, e cuja alma se encontrava no Purgatório, necessitavam de orações, missas e suplicações sistemáticas, para aproximar a sua alma do Céu e, concordantemente, lhes abreviar a estadia naquele lugar inóspito.
A execução destas necessidades espirituais permitiria à Misericórdia de Évora colher enormes benefícios materiais, na medida em que, antes de morrer, uma boa parte dos legatários alocava propriedades à Misericórdia para garantir o cumprimento destas obrigações. Era assim, dos rendimentos resultantes desse património, que se deveria pagar aos capelães para cerimónias litúrgicas que poderiam ir desde a simples missa de 7º dia, a orações “para todos o sempre” ou “enquanto o mundo durar”, como antigamente se proclamava.
Mas não só os ricos eram assistidos espiritualmente pela Misericórdia na hora da morte, também os pobres, ou os “simples” o eram sendo-lhes concedidos enterramentos gratuitos e um conjunto de orações e súplicas a eles associados.
Apesar desta ser a mais preeminente, todas as outras obras espirituais têm sido, época a época, executadas pela Misericórdia de Évora e expressadas através de diversas manifestações litúrgicas, do processo catequético, das procissões, da administração de sacramentos ou da iconografia.
Como exemplos desta invocação espiritual da Misericórdia apresentaremos três esculturas de inegável valor artístico: Menino Jesus Salvador do Mundo, Piedade e São José e o Menino.