Os alçados da igreja são todos revestidos por azulejaria monocromática azul, característica vigente no século XVIII. Os painéis, historiados, estão datados sobre a porta – 1716. São notáveis pela forma de representação, desenho e movimento de figuras e arquitetura, realçando-se o cuidado e ténue doseamento entre os tons claros e escuros.

Manuel Borges foi o seu ladrilhador, mas as pinturas ficaram a cargo da oficina de pintura de azulejos de António de Oliveira Bernardes, o mais categorizado pintor de azulejos do seu tempo.
O programa de imagens desenvolvido para a Igreja de Évora teve a pretensão de que a sua composição fosse um autêntico manual do perfeito irmão da Misericórdia. Os versículos escolhidos não falam das Obras, mas da Misericórdia na sua abrangência mais profunda e assumem-se como uma mensagem dirigida aos irmãos da Santa Casa.
Nos azulejos desenvolve-se a representação da Vida de Jesus, envolvida de uma arquitetura monumental, com a individualização dramática dos afetos na posse e no rosto de cada um dos personagens com vestes clássicas.