Entre 1710 e 1714, Francisco Silva, experiente escultor e entalhador estabelecido em Évora, encarregou-se da execução do frontispício dourado da capela-mor e das molduras imponentes que se estendem pelas paredes laterais da nave, onde as telas com as Obras da Misericórdia Corporais são separadas por atlantes. O douramento do grande retábulo e das molduras da nave, bem como as carnações, foi concluído somente no biénio 1729-1730 e foi seu autor Felipe de Santiago Neves. A nova igreja setecentista apresenta a parede fundeira da cabeceira totalmente revestida a talha dourada, com três retábulos: o de S. João Batista, do lado do Evangelho, o de S. Miguel, do lado da Epístola, e o central, dedicado a Nossa Senhora da Visitação. A individualização dos elementos escultóricos é a principal característica da obra, destacando-se a inclusão de querubins e anjos tenentes posteriormente realçados pelas carnações de Felipe de Santiago Neves. Os fantasiosos atlantes das pilastras, com cestos ou plumas sobre a cabeça, reforçam o sentido simbólico de uma arquitetura vibrante de alusões ao paraíso celestial.